Een bijzondere groep schimmels in de bodem zijn de zogenaamde mycorrhiza. Deze benaming betekent letterlijk: schimmelwortel. De mycorrhiza bevatten veel schimmelsoorten die in symbiose, meerbepaald in mutualisme, leven met de plant. Mutualisme is een samenwerkingsverband waarbij zowel de plant als de schimmel voordeel hebben. De schimmels groeien hiervoor in en rondom de wortel van de plant zodat voedingsstoffen uitgewisseld kunnen worden.