Op 27 mei 2015 stelde minister Schauvliege het soortbeschermingsprogramma bever vast. Een soortenbeschermingsprogramma wordt door de minister vastgesteld en heeft een looptijd van 5 jaar. Daarna kan het op basis van een evaluatie worden verdergezet, al dan niet met de nodige aanpassingen. Een vastgesteld soortenbeschermingsprogramma is dus een officieel document en niet vrijblijvend. De gemaakte afspraken binnen zo’n programma zijn beslist beleid en dus bindend.
Omdat de beverpopulatie een duidelijke positieve trend kent, en de soort er net voor gekend is zelf z’n habitat in te richten, werd ervoor gekozen om de beschermingsmaatregelen te richten op conflictbeheersing. Dat kan contradictorisch lijken, maar de beste bescherming voor een soort als de bever is juist een kader te voorzien waarin je de bever laat betijen wanneer er geen conflicten zijn en waarin je snel kunt ingrijpen wanneer er zich conflicten voordoen. Dit gaat niet enkel over conflicten met landbouwers en bewoning, maar ook om conflicten met natuurdoelen. Voor die laatste moet het bestaande afwegingskader nog verder verfijnd worden.
Naast die conflictbeheersing zijn nog aanvullende maatregelen opgenomen, zoals het wegwerken van migratieknelpunten, monitoring en communicatie. Bovendien lift de bever ook indirect mee op de inspanningen die er gedaan worden om de waterkwaliteit te verbeteren.
Het soortbeschermingsprogramma bevat een algemene afwijking voor waterbeheerders. Die laat hen onder strikte voorwaarden toe om snel in te grijpen buiten de voor natuur kwetsbare gebieden (SBZ, VEN, natuur en bos op gewestplan). Op die manier kan sneller gereageerd worden om economische schade te voorkomen. Binnen de voor natuur kwetsbare gebieden moet nog steeds een individuele afwijking worden aangevraagd. Het soortbeschermingsprogramma laat ook toe om bevers onder strikte voorwaarden en enkel op vraag van het Agentschap voor Natuur en Bos te vangen en te verplaatsen. Aangezien dit een arbeidsintensieve actie is en het aantal geschikte opvanglocaties beperkt is, zal zeer restrictief met verplaatsingen worden omgegaan