De schimmels die uitsluitend of hoofdzakelijk cellulose en hemicellulose afbreken veroorzaken bruin- of kubiekrot. Door het verdwijnen van de cellulose en hemicellulose verliest het hout het vermogen om trekkrachten op te vangen. Het hout wordt bros, maar behoudt nog wel enige starheid. Bekende voorbeelden van bruinrotschimmels zijn de zwavelzwam (Laetiporus sulphureus), de berkenzwam (Piptoporus betulinus), de dennenvoetzwam (Phaeolus schweinitzii) en de roodgerande houtzwam (Fomitopsis pinicola). Bruinrot maakt hout bros en heeft een blokvormig breukvlak en een dobbelsteenachtige structuur.
Bruin- of kubiekrot door de berkenzwam (Gerrit Jan Keizer)
Bruinrot door de berkenzwam met mycelial felts (Gerrit Jan Keizer)
Bruinrot door dennevoetzwam in een stomp van douglas (Tom Joye)