De Kleine dwergvleermuis gelijkt uiterlijk erg sterk op de Gewone dwergvleermuis en werd pas in 1999 op basis van genetisch onderzoek als aparte soort erkend. Mannelijke dieren kunnen op basis van de geslachtsorganen morfologisch van elkaar onderscheiden worden. Verder blijken er ook verschillen in de piekfrequentie van de sonargeluiden en in de sociale roep.
Een zeer kleine vleermuis die uiterlijk sterk lijkt op de Gewone dwergvleermuis.
Toen het batdetectoronderzoek in de vroege jaren '80 stilaan meer toegepast werd stelde men vast dat de piekfrequentie van Gewone dwergvleermuizen (Pipistrellus pipistrellus) in sommige delen van Europa bij 45 kHz lag en in andere bij 55 kHz. Men dacht dat de frequentieverschillen een gevolg van geografische differentiatie waren. In Engeland vond men echter dat 2 de types in hetzelfde gebied in onderling strikt gescheiden kolonies leefden. Genetisch onderzoek bewees dat het wel degelijk om 2 afzonderlijke soorten gaat. Het 55 kHz-type kreeg uiteindelijk in 1999 een nieuwe naam: de Kleine dwergvleermuis {Pipistrellus pygmaeus).