Het Kleinst waterhoen is de kleinste rallensoort in Europa. Hij is vooral te onderscheiden van het Klein waterhoen door de nooit rode snavelbasis, de meer zwart-witte bandering op de flanken (vooral een verschil bij volwassen vogels) en de witte kringetjes op de bovenvleugeldekveren. De zang, die vooral s nachts wordt gebracht, is een nogal zacht, droog geratel.