Bepaalde delen van begraafplaatsen bestaan typisch uit een stenige ondergrond. Zo vormen oude muurtjes, gebouwen en stenen specifieke biotopen. Sommige muren zijn nat, andere droog. Zuidgerichte muren zijn warm en zonbeschenen terwijl muren naar het noorden gericht, permanent in de schaduw staan. Onder invloed van de natuurelementen verweren muren langzaam met de tijd. Het oppervlak wordt poreus en er ontstaan scheuren in het metselwerk.
Ze vormen de groeiplaats van gespecialiseerde planten: muurflora. Je vindt er typische soorten met varens zoals tongvaren, muurvaren, de zeldzame zwartsteel of kruiden zoals de gele helmbloem en muurleeuwenbek. De fijne worteltjes van deze planten zijn niet schadelijk voor de muur. Wat wel schade kan veroorzaken, zijn de wortels van bomen en struiken. Het beheer richt zich daarom best op kleinschalig onderhoud, waarbij houtige gewassen zo snel mogelijk worden verwijderd. Ga een begroeide muur niet met onkruidverdelger of een hogedrukspuit te lijf. Het ecosysteem verbonden aan de muur heeft immers jarenlang nodig om te ontwikkelen.
Wanneer er gevoegd wordt, kunnen delen van de vegetatie worden gespaard. Daarnaast kunnen oude muren als waardevolle elementen worden behouden en geïntegreerd in nieuwbouw. Dit beheer levert enerzijds een bijdrage aan de bescherming van vele bijzondere soorten muurflora terwijl tegelijkertijd wordt bespaard op sloopkosten. Bij het aanleggen van nieuwe muurtjes, wordt best kalkrijke mortel gebruikt. Die vormt het snelst een geschikt biotoop voor muurflora.
Begraafplaatsen hebben vaak een hoge diversiteit aan steenbewonende korstmossen. Korstmossen zijn pioniers die zich traag vestigen. Ze groeien zo’n 1 millimeter per jaar. Op oude muren en stenen komen bijzondere en zeldzame soorten voor, die tientallen jaren nodig hebben om te groeien. Ze geven de begraafplaats karakter en een mystieke sfeer. Bij een aantal verwijst de Nederlandse naam zelfs typisch naar hun voorkomen op begraafplaatsen, zoals bijvoorbeeld de Zwarte grafkorst. Korstmossen zijn onschadelijk voor muren en graven, het is dan ook niet nodig om ze te verwijderen of te bestrijden. Op begraafplaatsen vind je ze bij voorkeur op graven met een ruwe steen of kalksteen, die open en belicht staan en niet worden schoongemaakt. Struiken of bodembedekkers die over graven met korstmossen heen dreigen te groeien, worden best tijdig gesnoeid. Ook kunnen oude graven en monumenten waarbij de concessie vervalt, gericht worden behouden in functie van kwetsbare soorten korstmossen.
Naast bijzondere muurflora en korstmossen, bieden stenige biotopen een belangrijke verblijfplaats voor… pissebedden. Ze houden van vochtige plekken, zoals onder half ingegraven stenen of balken of de onderkant van muurtjes. Een aantal soorten wordt typisch ook op begraafplaatsen gevonden. Ze kunnen erg mooi en kleurrijk zijn, zoals het prachtige Juweeltje, een soort die houdt van plaatsen met kalk of de Zwartkoppissebed. Het behoud van voldoende schuilplaatsen, zoals stenen, hout, of andere objecten die lang blijven liggen, zorgt voor een diversiteit aan soorten.