De Waterrietzanger lijkt op de algemenere Rietzanger maar heeft in tegenstelling tot deze laatste een duidelijke, smalle, gele kruinstreep, twee duidelijke, geelbeige banden over de mantel en zwaardere, zwarte strepen op de bovendelen. Typisch, net als bij de Rietzanger, is het silhouet tijdens de zang, namelijk met omlaag gerichte staart en uitgestrekte hals. Beide geslachten zijn identiek. De adulte vogel heeft een fijn gestreepte borst en flanken; bij de juveniele vogel zijn deze ongestreept. De Waterrietzanger zingt voornamelijk s avonds, meestal in zit, zelden in korte zangvlucht, waarbij de zang doet denken aan een slaperige Rietzanger.