De Variabele waterjuffer is een vrij lange en vooral slanke waterjuffer, waarvan zowel de mannetjes als vrouwtjes variabel getekend zijn. Ze kunnen vooral worden verward met de Azuurwaterjuffer. Het mannetje van de Variabele waterjuffer heeft een zeer slank achterlijf. De hoeveelheid blauw op het achterlijf varieert van bijna zo veel als Azuurwaterjuffer, tot slechts kleine blauwe vlekjes. Op segment 2 staat meestal een Y-vormige figuur, die met de achterrand van het segment verbonden is. De schouderstrepen zijn meestal onderbroken, in de vorm van een uitroepteken. Het vrouwtje is ook zeer variabel, met vaak vrij veel blauw op het achterlijf, terwijl lichte delen op borststuk meestal groenig zijn. De variatie gaat tot groene vrouwtjes met een geheel donkere achterlijfsrug. Beste kenmerk is de vorm van het halsschild, dat is M-vormig met drie even grote lobben.