Het Klein waterhoen is een kleine ralachtige met een teruggetrokken en verborgen levenswijze. De soort heeft groene poten met opvallend lange tenen, korte snavel en nogal lange, spitse staart die vaak omhoog wordt gehouden, waardoor de volledig gebandeerde onderstaart zichtbaar is. Het lichaam is zijdelings afgeplat. In de meeste kleden is de snavelbasis rood. De soort heeft een opvallend luide, kwekkende roep, die meestal enkel 's nachts wordt gehoord.