De aan- of afwezigheid van bepaalde soorten macrofungi en korstmossen of lichenen kan gezien worden als een symptoom van verzuring en vermesting (stikstof, nitrificatie) en/of verdroging, vernatting en verdichting en gelinkt worden aan de achteruitgang van de biodiversiteit (G.J. Keizer, 1996). Paddenstoelenencyclopedie. Paddenstoelen en korstmossen als bio-indicatoren, pagina 27).
Saprotrofe plaatjeszwammen als de knolparasolzwam (Macrolepiota rachodes), de nevelzwam (Clitocybe nebularis) en de roodbruine schijnridderzwam (Lepista flaccida) zijn indicatoren voor stagnerende strooiselafbraak die met name door vermesting en verzuring ontstaat.
Bij ectomycorrhizasymbionten treedt bij verzuring een verschuiving in de richting van zuurtolerante soorten op. Zo is van de hanenkam of cantharel (Cantharellus cibarius) aangetoond, dat hij bij een pH-waarde lager (= zuurder) dan pH 4 verdwijnt. Fijnsparren en zomereiken produceren zuur en moeilijk afbreekbaar strooisel, waardoor zuurintolerante soorten als de hanenkam en vele andere ectomycorrhiza vormende paddenstoelen en zwammen, die meer of minder exclusief aan boomsoorten gebonden zijn, uiteindelijk verdwijnen. Dat gebeurt mede vanwege het zuurstofgebrek en de stagnerende strooiselafbraak die met verzuring geassocieerd zijn. Hun plek wordt ingenomen door meer zuurtolerante generalisten onder de symbionten als de gele aardappelbovist (Scleroderma citrinum), de kastanjeboleet (Imleria badia), de roodsteelfluweelboleet (Xerocomellus chrysenteron), de geelwitte russula (Russula ochroleuca), de berijpte russula (Russula parazurea) en de gewone krulzoom (Paxillus involutus).
Daarnaast gedijen bepaalde ectomycorrhiza vormende macrofungi beter onder voedselarme omstandigheden, terwijl andere ectomycorrhizasymbionten het beter doen onder voedsel- en stikstofrijke condities. Hetzelfde geldt ook voor bepaalde saprobionten.
Als gevolg van vermesting gaan met name de boomsoortgebonden specialisten onder de symbionten van de latere of reproductieve fase in aantal en frequentie van voorkomen achteruit. Voorbeelden hiervan zijn de meeste russula’s en melkzwammen (Lactarius spp.) en sommige boleten. Hun verdwijnen wordt beperkt gecompenseerd door supergeneralisten zoals de gewone krulzoom (Paxillus involutus). Hiervan wordt aangenomen dat hij, net als de gele aardappelbovist (Scleroderma citrinum) en de gewone franjezwam (Thelephora terrestris), in staat zou zijn om (tijdelijk) dood hout af te breken, omdat hij nog steeds over de daarvoor noodzakelijke enzymen zou beschikken.
Bomen delen primair boomsoorteigen ectomycorrhiza symbionten met soortgenoten, waarmee ze een directe associatie in bosverband of in een laan aan (kunnen) gaan. Zo kan men twee exclusief aan beuk gebonden russula's (R. fellea; R. mairei) en één exclusief aan beuk gebonden melkzwam (Lactarius blennius) gelijktijdig met vruchtlichamen in de kroonprojecties van twee buurbeuken aantreffen. En op een wortel kunnen wel 10 tot 20 symbionten verenigd zijn, die elk hun eigen territorium bezetten (G.J. Keizer, 2003. Paddenstoelen, Fontaine Uitgevers).
Daarnaast kent men subspecialisatie bij soorten symbionten, die sterk verwante boomsoorten als beuk en witte eiken (= Fagaceae) bedienen. En wanneer door vermesting exclusief aan eiken en beuken gebonden amanieten als A. phalloides en A. citrina verdwijnen, treedt substitutie door een generalistische amaniet als de vliegenzwam (A. muscaria) op. Uitzonderingen daargelaten, gaan van ectomycorrhiza's afhankelijke bomen zowel associaties met exclusief aan de boomsoort gebonden symbionten, als met generalistische symbionten aan, die elk hun rol in de levenscyclus en voedselkringloop van de boom en het boomsoorteigen ecosysteem spelen.
