Bij selectieve delignificatie of lignine-afbraak wordt de cellulose in de beginfase niet aangetast. Vervolgens worden de cellulose en de lignine in de celwand en de middenlamel afgebroken en/of gemodificeerd, waardoor de cellen los komen te staan. Het hout verliest zijn stijfheid en daarmee het vermogen om drukkrachten op te vangen. De platte tonderzwam (Ganoderma lipsiense), de dikrandtonderzwam (Ganoderma adspersum) en de lakzwammen van het geslacht Ganoderma zijn voorbeelden van houtzwammen met selectieve lignine-afbraak.
Witrot met selectieve delignificatie door de platte tonderzwam in een gevelde beuk (Gerrit Jan Keizer)