Niet alle houtrotschimmels zijn in te delen in de groep van wit- of bruinrotters. Sommige schimmels groeien (gedeeltelijk) via de verhoute secundaire celwand en vreten daar min of meer holtes in. Er is sprake van zacht- of moderrot als het hout (cellulose, hemicellulose en in geringe mate lignine) in de directe omgeving van de hyfen wordt afgebroken.
Schimmels die zachtrot veroorzaken behoren vaak tot de ascomyceten (kernzwammen) en deuteromyceten. Een bekend voorbeeld van een moderrot veroorzakende schimmel is de korsthoutskoolzwam (Kretzschmaria deusta).
De structuur van het rotte hout is, in tegenstelling tot de naam doet vermoeden, eerder hard en bros. het breukvlak is doorgaans afgelijnd en keramisch.
Zachtrot met pockets en afgrendelingszones door de korsthoutskoolzwam in de stamvoet van een beuk (Gerrit Jan Keizer)
Harde keramische breuk van zachtrot door korsthoutskoolzwam in beuk (Tom Joye)
Zachtrot met afgrendelingszones door de korsthoutskoolzwam in de stamvoet van een beuk (Gerrit Jan Keizer)
Zachtrot door de reuzenzwam in de onderstam van een gevelde beuk (Gerrit Jan Keizer)