Vlaanderen is een internationaal belangrijke regio voor heel wat watervogels. Langs de kust, in de polders en in de omgeving van de grote rivieren zitten in de winter duizenden eenden en ganzen. Ook een aantal steltlopers en meeuwen komen in grote aantallen voor. Voor soorten waarvan 1% of meer van de biogeografisch populatie in Vlaanderen voorkomt (tijdens trek of als overwinteraar) zijn natuurdoelen opgesteld. De meeste van deze soorten zijn geen bijlage 1 soorten. Wel bijlage 1 soorten zijn Kluut, Kleine zwaan, Lepelaar en Goudplevier. Deze soorten staan dan ook in bijlage 4 van het natuurdecreet. Bijlage 1 soorten die niet de 1% norm halen maar waarvoor wel natuurdoelen zijn opgesteld zijn Waterrietzanger, Blauwe kiekendief, Grote zilverreiger en Kemphaan. Voor deze soorten wordt ingeschat dat Vlaanderen een belangrijke bijdrage kan leveren voor hun bescherming ook al halen ze de 1% norm niet.
