Interne eutrofiëring betekent dat een te groot deel van de voor planten onbeschikbare fosfor en stikstof toch beschikbaar wordt. Dat kan op verschillende manieren. Door verdroging kan veen of slib mineraliseren door de extra zuurstof en komen voedingsstoffen vrij. Omgekeerd kan ook, door vernatting van bodems met veel ijzergebonden fosfaat, kan dit fosfaat terug vrijgesteld worden. Nog een voorbeeld is het bekalken van zure bodems, dan is vrijstellen van voedingsstoffen uit de humus- of strooisellaag ook mogelijk.
Interne eutrofiëring vindt in extreme mate plaats op hervernatte kalkarme, voormalige landbouwgronden die door de jarenlange bemesting zeer hoge fosfaatconcentraties bezitten.