Alle boom- en struiksoorten in Vlaanderen kunnen in twee grote groepen ingedeeld worden: de naaldbomen en de loofbomen. De naaldbomen behoren tot de klasse Pinopsida (Gymnospermen of Naaktzadigen). De eicellen of zaadbeginsels liggen niet ingesloten in een vruchtbeginsel. Ze liggen naakt op een vlak vruchtblad, direct toegankelijk voor het stuifmeel. Deze groep is primitiever en heeft tientallen miljoenen jaren geleden een grotere uitbreiding gekend. Nu zijn ze minder belangrijk in soortenaantal door de recenter ontstane groep van de loofbomen. De loofbomen behoren tot de klasse van de Magnoliopsida (Bloemplanten, Angiospermen of Bedektzadigen). De eicellen of zaadbeginsels zitten ingesloten in een vruchtbeginsel, zodat ook de latere zaden door een vruchtwand omgeven worden. De in Vlaanderen veel voorkomende loofbomen en -struiken behoren tot de onderklasse van de Tweezaadlobbigen. Palmbomen en Bamboeplanten behoren tot de klasse van de Eénzaadlobbigen. In Vlaanderen komen van nature geen houtige Eénzaadlobbigen voor.

Van buiten naar binnen treffen we in grote lijnen in een boomstam vaak volgende opbouw aan: schors, bast, cambium, spinthout, kernhout en merg. De anatomie van het hout is specifiek voor elke boomsoort. De verdeling, het aandeel en de morfologie van de cel- en weefseltypes verschillen telkens.

De regels die aangeven hoe nieuw ontdekte soorten hun naam krijgen is de nomenclatuur. In de taxonomie daarentegen wordt onderzocht waar de nieuwe soort thuishoort kwestie van verwantschap met andere soorten.

Soorten zijn inheems wanneer ze van nature in een bepaald gebied voorkomen. Sommige uitheemse soorten zijn echter al heel lang geleden in een gebied geïntroduceerd. Ze hebben zich spontaan gehandhaafd, voortgeplant en verspreid. Van die uitheemse soorten zegt men dat ze ingeburgerd zijn. Ze worden onderverdeeld in neofyten en archeofyten, afhankelijk van het moment waarop ze werden ingevoerd.